Em razão de sua relativa simplicidade e da facilidade de elaboração, a flauta é um dos instrumentos musicais mais antigos que conhecemos. Sabe-se que o homem de neandertal já construía flautas a partir de ossos de animais. Arqueólogos encontraram instrumentos feitos de osso de mamute com 17 e 18 centimetros na caverna de Geibenklöuml, no sul da Alemanha. Por isso, é bem provável que a flauta tenha entre 6.000 e 45.000 anos de idade.

Por esse motivo, não é possível determinar quem foi o criador do instrumento. O que sabemos é que a flauta esteve presente em diversas civilizações. Egípcios e hebreus, por exemplo, a usavam em festas, rituais religiosos e outras ocasiões especiais.

A flauta doce, caracterizada pelo seu corpo estreito e cilíndrico, alcançou seu apogeu em meados do século XVI, sendo amplamente usada como instrumento solo. A partir do século XVIII, a flauta doce perdeu seu espaço para a flauta transversal, uma vez que esta possuía uma maior potência sonora e um timbre mais expressivo. Tal aperfeiçoamento foi idealizado por Theobald Boehm, em 1871.

Nesta época, as flautas eram feitam a partir da madeira. Hoje em dia, o instrumento é fabricado a partir de determinados metais, como o níquel ou até mesmo a prata